Desde la llegada del COVID-19 los virus se han convertido en un tema de conversación frecuente. Así también, el mundo científico y de la medicina se han enfocado al máximo en crear una vacuna que ayude a revertir sus efectos dentro del organismo.
Además, existen grupos dentro de estos sectores que han tomado la iniciativa de desarrollar nuevos métodos que ayuden al organismo a combatir las infecciones víricas. Uno de estos proyectos fue dado a conocer recientemente por un equipo de investigadores de la Universidad Técnica de Múnich (TUM por sus siglas en inglés) quienes propusieron un innovador método para ser usado en el tratamiento contra los virus que atacan al organismo.
Ancestry es una empresa que realiza análisis de DNA de los usuarios para realizar informes sobre su origen, una información clasificada, que debería tener privacidad máxima, pero que ha sido el objetivo de las autoridades en Estados Unidos.
Microsoft se ha asociado con la Universidad de Washington para crear un tipo de ADN sintético en el que han conseguido almacenar hasta 200 MB de información, demostrando que es posible que estemos hablando de «los discos duros del futuro».
Para demostrarlo, han guardado un vídeo HD, la Declaración Universal de los Derechos Humanos en varios idiomas, 100 de los libros más populares del Proyecto Gutenberg y una pequeña base de datos, información que han conseguido guardar en un espacio, dentro de un tubo de ensayo, más pequeño que la punta de un lápiz. Continúa leyendo «Microsoft consigue guardar 200 MB en ADN sintético»
Guardar información en ADN (DNA) no es algo nuevo, ya se han hecho experimentos de este tipo hace algunos años (en 2012), demostrando que es posible guardar hasta 5,5 petabytes en un solo milímetro cúbico de ADN. El proceso se puede entender fácilmente: si los secretos de la vida se guardan en forma de combinaciones de nucleótidos, basta con convertir el código binario de la información en estos nucleótidos, lo difícil es recuperar la información después.
Ahora un equipo de la Universidad de Washington acaba de dar un paso importante en este sentido: han codificado cuatro imágenes digitales en el ADN, han conseguido hacer búsquedas y luego lo han recuperado sin problemas, como si de un disco duro se tratara. Continúa leyendo «Consiguen guardar datos en ADN y recuperarlos de forma sencilla»
La Moscow State University anda creando algo así como un “arca de Noé” -de hecho ese es su título- con el ADN de todas las especies de seres terrestres vivos, los que están en peligro de extinción y los que ya no existen. La idea es ofrecer la más grande base de datos de ADN en el mundo, un enorme trabajo que apenas si se puede comparar, en esencia, con el Frozen Ark project y el Millennium Seed Bank, proyectos específicos que buscan preservar las estructura de la vida únicamente de las plantes y los animales ya extintos.
Probablemente se han equivocado en la cifra pero comentan en RT que el “arca” abarcará una región de 430 kilómetros cuadrados y se ubicará dentro de uno de los principales campus de la Universidad. Asimismo, se afirma que no sólo se compondrá de material celular sino que se almacenará también la respectiva información sistemática para análisis posteriores: “[…] no todo puede estar en placas de Petri” asegura Viktor Sadivnichy, rector de la MSU.
La base de datos resultante contendrá los datos ya recogidos por diferentes dependencias de la MSU incluyendo su jardín botánico y su museo antropológico y zoológico, pero para garantizar que sea completada y de paso atraiga la atención de la comunidad científica más joven, se han asegurado recursos por algo más de 190 millones de dólares.
Se estima su terminación para el 2018 y se habla de manera implícita de que podría ser compartida con la comunidad académica y científica de otras latitudes. Esperemos pues que se mantenga al público enterado de tan importante desarrollo.
One Codex es un nuevo servicio online que ofrece a profesionales de la salud, bioinformáticos y en general investigadores de instituciones médicas y científicas, un enorme catálogo de secuencias de ADN y un potente motor de búsqueda para consultar tales registros junto a varios petabytes de datos adicionales. Decenas de miles de cadenas genéticas de hongos, virus y bacterias son ofrecidas de forma gratuita en One Codex -al menos por ahora que se encuentra en versión beta-.
Entender mejor el virus que causa cierta enfermedad para optimizar los diagnósticos, evaluar a fondo los estándares en ciertos alimentos y la ausencia de organismos extraños además de trabajar en la mejoría de los protocolos de bioseguridad en hospitales, hacen parte de algunas ideas que pueden ser ejecutadas con ayuda de la capacidad de One Codex quien se place, además de contar con tan enorme cantidad de datos genéticos, disponer de una tecnología de búsqueda de secuencias de ADN 3.000 veces más rápida y precisa que la ofrecida por BLAST, el software y método que usan investigadores de todo el mundo para el alineamiento de secuencias.
Por supuesto, cualquier hospital, agencia o institución de investigación también puede cargar a la plataforma las secuencias con las que dispone (en formato FASTA o FASTQ) para que One Codex se encargue de examinarlas y clasificarlas con las referencias que logra indexar. En fin, otro valioso recurso de datos genéticos tan útil como la plataforma de Google Genomics y el proyecto de Autism Speaks para el libre acceso a gigantes bases de datos de secuencias de ADN tanto de humanos como de otros organismos cuyo estudio puede influir a gran escala en la sociedad.
Hace unos días os hablamos del proyecto que Google está realizando para crear bases de datos con genomas de personas con autismo. Hoy, desde el blog de Google, hablan más sobre el tema, explicando como Autism Speaks utiliza la plataforma de Google en la nube para almacenar datos y permitir el acceso a otras personas, algo necesario cuando hablamos de 100 terabytes de datos que son importados desde allí a Google Genomics.
La cantidad de información del genoma de un solo individuo es enorme, comentan en el artículo que equivale a bajarse 100 largometrajes (aunque no especifican la resolución de los mismos), indicando que 10.000 genomas necesitaría una base de datos de petabytes.
Sobre Google Genomics, proyecto más detallado en developers.google.com/genomics, comentan que se trata de una solución que permite el acceso a los datos por parte de la comunidad científica. La API de Genomics ayuda a que puedan ser consultados usando Google BigQuery (para hacer consultas de la base de datos), con el poder de computación de la solución Google Compute Engine, que permite la construcción de análisis personalizados.
Los investigadores podrán pasar menos tiempo moviendo datos de aquí para allá y más analizando datos y colaborando con sus colegas.
Google Genomics permite:
– Almacenar información de genomas. – Procesar los datos en lotes mediante la ejecución de un análisis de componentes principales. – Explorar los datos a través de una o varias muestras. – Compartir los datos genómicos con otro grupo de investigación, hacerlos públicos o distribuirlos entre una comunidad limitada.
De momento están concentrados en el proyecto Autism Speaks, que dedica más de 500 millones de dólares a estudiar este problema, aunque las posibilidades en un futuro podrían ser enormes, acabándose el envío de discos duros por correo tradicional.
Autism Speaks, reconocida fundación que investiga y promueve la lucha contra el autismo, ha anunciado su asocio con Google para valerse de Google Cloud Platform y la API de Google Genomic para desarrollar la más grande base de datos de genomas de personas con autismo y el de su familias. La idea es crear un recurso libre que facilite la investigación con 10.000 de los registros de ADN con los que ya cuenta Autism Speaks gracias a su programa AGRE (Autism Genetic Resource Exchange).
El nuevo programa titulado AUT10K haciendo referencia a la información genética de más de 10.000 personas, busca servir al bien común de investigar sobre las causas y conseguir tratamientos efectivos para las millones de personas que viven con la enfermedad. Sin embargo, ya que el manejo de la información relativa a la enfermedad es tan compleja y grande, sólo una organización como Google podría ponerse al frente del proyecto brindando, además de su enorme conocimiento en ciencia y tecnología, herramientas para su «almacenamiento, análisis y acceso remoto para las investigaciones».
Estamos muy contentos de trabajar con el equipo de Autism Speaks en el almacenamiento, procesamiento, exploración y compartición de los datos de AUT10K, y aún más ansiosos por tener la oportunidad de usar Google Cloud Platform para encontrar la causas y tratamientos del autismo. –David Glazer, Director de Ingeniería de Google Genomics
El director de Ingeniería también resalta las limitaciones de la biología moderna en cuanto al tratamiento de sus datos, límites que pueden ser «removidos por la computación moderna». Como destacan en The Verge ya son 1.000 los registros completamente secuenciados y aunque no se ha establecido fecha para la inclusión de los restantes, sí se ha anunciado la pronta publicación de 2.000 muestras más.
En fin, el futuro se ve prometedor con este nuevo asocio que podría marcar un punto de inflexión en la manera como podría ser aprovechada toda esta información por equipos médicos y científicos de cualquier parte del mundo. Por cierto, no es el primer asocio con una firma de tecnología de gran prestigio ya que, como lo compartíamos en un artículo sobre recursos para familiares de niños con autismo, Microsoft también ha estado pendiente de promover el utilísimo material de Autism Speaks.
Al igual que se usa Python o Java, por ejemplo, para escribir código para un ordenador, los químicos podrían pronto ser capaces de utilizar un conjunto estructurado de instrucciones para programar cómo las moléculas de ADN interactúan en un tubo de ensayo o en una célula.
Así comienza el artículo publicado en la web de la Universidad de Washington, donde anuncian que están trabajando en un lenguaje de programación pensado en programar moléculas de ADN, algo que puede ser extremadamente útil para crear medicamentos, curar enfermedades y, en general, alterar el comportamiento de nuestro organismo.
Los trabajos fueron publicados esta semana en la revista Nature Nanotechnology, donde Georg Seelig, profesor asistente de ingeniería eléctrica y de ciencias de la computación, comentó que partían de una descripción matemática de un sistema químico para, usando el ADN, construir las moléculas responsables por el efecto programado.
[…] los científicos están encontrando formas de diseñar sistemas sintéticos que se comportan como los biológicos, con la esperanza de que las moléculas sintéticas apoyen las funciones naturales del cuerpo. Para eso se necesita un sistema para crear moléculas de ADN sintéticas que varíen de acuerdo a sus funciones específicas.
De momento el trabajo no puede ser aplicado en el campo de la medicina, pero podría usarse en el futuro para hacer moléculas que se auto-ensamblen dentro de las células y sirvan como sensores inteligentes.
[…] podrían ser incorporados en una célula, a continuación, programarse para detectar anomalías y responder según sea necesario, tal vez mediante la entrega de medicamentos directamente a las células.
Como veis, nuevas profesiones van apareciendo: programador de moléculas de ADN… suena bien, desde luego.
