Autoridades solicitaron acceso a ADN de 15 millones de personas de Ancestry

Ancestry es una empresa que realiza análisis de DNA de los usuarios para realizar informes sobre su origen, una información clasificada, que debería tener privacidad máxima, pero que ha sido el objetivo de las autoridades en Estados Unidos.

La compañía luchó contra la solicitud y ganó en la justicia, por lo que no tuvieron, de momento, que entregar nada. Continúa leyendo «Autoridades solicitaron acceso a ADN de 15 millones de personas de Ancestry»

Ya podemos saber si tendremos Alzheimer o Parkinson con el test genético de 23andMe

23andMe

23andMe nos ofrece la posibilidad de, con una muestra de saliva, conocer detalles sobre nuestra genética. Es un proyecto que fue fundado conjuntamente por Linda Avey, Paul Cusenza y Anne Wojcicki en 2006, respaldado por inversiones de Google, por lo que tienen ya más de 10 años de experiencia a sus espaldas.

En muchas ocasiones la gente lo ha usado para conocer la procedencia de sus ancestros, algo útil para saber si tenemos sangre asiática en las venas, así­ como para ver detalles relacionados con la salud, aunque este último punto tení­a bastantes lí­mites. Continúa leyendo «Ya podemos saber si tendremos Alzheimer o Parkinson con el test genético de 23andMe»

One Codex, el «Google» de los genomas y otros datos genéticos de bacterias, virus y hongos

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One Codex es un nuevo servicio online que ofrece a profesionales de la salud, bioinformáticos y en general investigadores de instituciones médicas y cientí­ficas, un enorme catálogo de secuencias de ADN y un potente motor de búsqueda para consultar tales registros junto a varios petabytes de datos adicionales. Decenas de miles de cadenas genéticas de hongos, virus y bacterias son ofrecidas de forma gratuita en One Codex -al menos por ahora que se encuentra en versión beta-.

Entender mejor el virus que causa cierta enfermedad para optimizar los diagnósticos, evaluar a fondo los estándares en ciertos alimentos y la ausencia de organismos extraños además de trabajar en la mejorí­a de los protocolos de bioseguridad en hospitales, hacen parte de algunas ideas que pueden ser ejecutadas con ayuda de la capacidad de One Codex quien se place, además de contar con tan enorme cantidad de datos genéticos, disponer de una tecnologí­a de búsqueda de secuencias de ADN 3.000 veces más rápida y precisa que la ofrecida por BLAST, el software y método que usan investigadores de todo el mundo para el alineamiento de secuencias.

Por supuesto, cualquier hospital, agencia o institución de investigación también puede cargar a la plataforma las secuencias con las que dispone (en formato FASTA o FASTQ) para que One Codex se encargue de examinarlas y clasificarlas con las referencias que logra indexar. En fin, otro valioso recurso de datos genéticos tan útil como la plataforma de Google Genomics y el proyecto de Autism Speaks para el libre acceso a gigantes bases de datos de secuencias de ADN tanto de humanos como de otros organismos cuyo estudio puede influir a gran escala en la sociedad.

Enlace: One Codex

Google Genomics, el proyecto de Google para estudiar secuencias de ADN

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Hace unos dí­as os hablamos del proyecto que Google está realizando para crear bases de datos con genomas de personas con autismo. Hoy, desde el blog de Google, hablan más sobre el tema, explicando como Autism Speaks utiliza la plataforma de Google en la nube para almacenar datos y permitir el acceso a otras personas, algo necesario cuando hablamos de 100 terabytes de datos que son importados desde allí­ a Google Genomics.

La cantidad de información del genoma de un solo individuo es enorme, comentan en el artí­culo que equivale a bajarse 100 largometrajes (aunque no especifican la resolución de los mismos), indicando que 10.000 genomas necesitarí­a una base de datos de petabytes.

Sobre Google Genomics, proyecto más detallado en developers.google.com/genomics, comentan que se trata de una solución que permite el acceso a los datos por parte de la comunidad cientí­fica. La API de Genomics ayuda a que puedan ser consultados usando Google BigQuery (para hacer consultas de la base de datos), con el poder de computación de la solución Google Compute Engine, que permite la construcción de análisis personalizados.

Los investigadores podrán pasar menos tiempo moviendo datos de aquí­ para allá y más analizando datos y colaborando con sus colegas.

Google Genomics permite:

– Almacenar información de genomas.
– Procesar los datos en lotes mediante la ejecución de un análisis de componentes principales.
– Explorar los datos a través de una o varias muestras.
– Compartir los datos genómicos con otro grupo de investigación, hacerlos públicos o distribuirlos entre una comunidad limitada.

De momento están concentrados en el proyecto Autism Speaks, que dedica más de 500 millones de dólares a estudiar este problema, aunque las posibilidades en un futuro podrí­an ser enormes, acabándose el enví­o de discos duros por correo tradicional.

Imagen de shutterstock.com

Google colabora en construir una base de datos libre con genomas de personas con autismo

autism genetic resource exchange google

Autism Speaks, reconocida fundación que investiga y promueve la lucha contra el autismo, ha anunciado su asocio con Google para valerse de Google Cloud Platform y la API de Google Genomic para desarrollar la más grande base de datos de genomas de personas con autismo y el de su familias. La idea es crear un recurso libre que facilite la investigación con 10.000 de los registros de ADN con los que ya cuenta Autism Speaks gracias a su programa AGRE (Autism Genetic Resource Exchange).

El nuevo programa titulado AUT10K haciendo referencia a la información genética de más de 10.000 personas, busca servir al bien común de investigar sobre las causas y conseguir tratamientos efectivos para las millones de personas que viven con la enfermedad. Sin embargo, ya que el manejo de la información relativa a la enfermedad es tan compleja y grande, sólo una organización como Google podrí­a ponerse al frente del proyecto brindando, además de su enorme conocimiento en ciencia y tecnologí­a, herramientas para su «almacenamiento, análisis y acceso remoto para las investigaciones».

Estamos muy contentos de trabajar con el equipo de Autism Speaks en el almacenamiento, procesamiento, exploración y compartición de los datos de AUT10K, y aún más ansiosos por tener la oportunidad de usar Google Cloud Platform para encontrar la causas y tratamientos del autismo. –David Glazer, Director de Ingenierí­a de Google Genomics

El director de Ingenierí­a también resalta las limitaciones de la biologí­a moderna en cuanto al tratamiento de sus datos, lí­mites que pueden ser «removidos por la computación moderna». Como destacan en The Verge ya son 1.000 los registros completamente secuenciados y aunque no se ha establecido fecha para la inclusión de los restantes, sí­ se ha anunciado la pronta publicación de 2.000 muestras más.

En fin, el futuro se ve prometedor con este nuevo asocio que podrí­a marcar un punto de inflexión en la manera como podrí­a ser aprovechada toda esta información por equipos médicos y cientí­ficos de cualquier parte del mundo. Por cierto, no es el primer asocio con una firma de tecnologí­a de gran prestigio ya que, como lo compartí­amos en un artí­culo sobre recursos para familiares de niños con autismo, Microsoft también ha estado pendiente de promover el utilí­simo material de Autism Speaks.

Más información: Autismspeaks.org

Desarrollan lenguaje de programación para crear moléculas de ADN artificiales

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Al igual que se usa Python o Java, por ejemplo, para escribir código para un ordenador, los quí­micos podrí­an pronto ser capaces de utilizar un conjunto estructurado de instrucciones para programar cómo las moléculas de ADN interactúan en un tubo de ensayo o en una célula.

Así­ comienza el artí­culo publicado en la web de la Universidad de Washington, donde anuncian que están trabajando en un lenguaje de programación pensado en programar moléculas de ADN, algo que puede ser extremadamente útil para crear medicamentos, curar enfermedades y, en general, alterar el comportamiento de nuestro organismo.

Los trabajos fueron publicados esta semana en la revista Nature Nanotechnology, donde Georg Seelig, profesor asistente de ingenierí­a eléctrica y de ciencias de la computación, comentó que partí­an de una descripción matemática de un sistema quí­mico para, usando el ADN, construir las moléculas responsables por el efecto programado.

[…] los cientí­ficos están encontrando formas de diseñar sistemas sintéticos que se comportan como los biológicos, con la esperanza de que las moléculas sintéticas apoyen las funciones naturales del cuerpo. Para eso se necesita un sistema para crear moléculas de ADN sintéticas que varí­en de acuerdo a sus funciones especí­ficas.

De momento el trabajo no puede ser aplicado en el campo de la medicina, pero podrí­a usarse en el futuro para hacer moléculas que se auto-ensamblen dentro de las células y sirvan como sensores inteligentes.

[…] podrí­an ser incorporados en una célula, a continuación, programarse para detectar anomalí­as y responder según sea necesario, tal vez mediante la entrega de medicamentos directamente a las células.

Como veis, nuevas profesiones van apareciendo: programador de moléculas de ADN… suena bien, desde luego.

Link: washington.edu| Ví­a The Verge

Imagen de molécula de DNA en shutterstock.com