Si no os convence ninguna de las decenas de opciones que ya he comentado para gestionar facturas en la web, puede ser que necesitéis una herramienta de código abierto para que la alteréis a vuestro gusto.
Aquí os dejo algunas de las mejores opciones que conozco.
MyClientBase
Una aplicación gratuita que podéis instalar en vuestro servidor sin ningún coste estando los archivos disponibles para recibir cualquier tipo de alteración (bien sea de funcionalidades o idioma).
Podéis gestionar clientes y facturas, ofrecer descuentos, informar pagos, ver informes… una solución bastante completa.
Siwapp
Una aplicación de código libre, programada sobre el framework Symfony (PHP), que permite personalizar las facturas de los clientes y alterar varios parámetros para facilitar su uso.
Podréis añadir funciones y alterar el sistema para que sea más flexible aún.
Codeka
Desarrollado en España, codeka permite controlar la facturación y gestionar el almacén o inventario de una pequeña o mediana empresa. CodeKa es una aplicación con licencia GPL.