Algo tan sencillo como unir PDFs y aún no hay una forma extremadamente intuitiva que permita hacer ese trabajo, motivo por el cual os dejamos con una lista de recursos que podéis usar de forma gratuita (por eso no mencionamos la función que tiene la versión Pro de Adobe Reader).
1 – PDF Split&Merge: Aplicación gratuita para Windows que, disponible en varios idiomas, permite juntar hasta un máximo de 3 archivos sin pagar nada (la licencia para eliminar dicho límite es de 20 dólareS). También permite separar un archivo PDF en páginas independientes.
2 – SmallPDF: Opción web en la que solo tenemos que arrastrar los archivos y bajar el resultado.
3 – pdfmerge.w69b.com: Muy semejante a la anterior, aunque en este caso cuenta con un plugin para Chrome que facilita el trabajo.
4 – ilovepdf.com: uno de los más potentes, también web, que incluye herramientas de todo tipo para trabajar con archivos PDF.
5 – pdfJoin: Permite subir los archivos y ofrece una aplicación Java que elimina el límite de tamaño, ofreciendo así la posibilidad de unir archivos muy grandes.
6 – Mergepdf: Limitado a 30 megas por cada documento individual, solo tiene un problema: su aspecto estético (la publicidad aparece por todos los lados).
7 – pdfsam.org: Opción para instalar que no depende de la plataforma. Está desarrollado en JAVA, por lo que puede ejecutarse desde cualquier sistema operativo.
En caso de que no queráis depender de una solución web (por motivos de privacidad), está claro que la primera y la séptima opción son las mejores.
En Linux existen varias aplicaciones para eso pero hay una en especial que me gusta y uso con frecuencia, se llama PdfShuffler y puede unir, separar, voltear y cambiar el orden de los archivos pdf sin limites y no es de pago
Recomiendo, smallpdf.com
también cuenta con extensión para chrome.