Si tenéis cientos de ebooks en vuestro ordenador y no sabéis como gestionar tal cantidad de archivos, os recomiendo el uso de Calibre, herramienta de código libre que, conectada a Internet, puede recoger la información de miles de libros al mismo tiempo que organizáis la librería.
Con posibilidad de cambiar de formato los archivos y obtener noticias en RSS sobre las obras de interés, es una aplicación extremadamente completa, gratuita y compatible con todos los principales sistemas operativos.
Lo he probado recientemente y es muy útil. Aunque no acepte el formato .doc para pasar a .epub, por ejemplo.