Cuando trabajaba como analista de datos tenía que comparar contenido de archivos con bastante frecuencia, usando Pspad o File comparer para la tarea.
Ahora tenemos una herramienta web que realiza el mismo trabajo: comparemyfiles.com.
Tendréis que subir los dos archivos que queréis comparar y esperar el resultado: dos columnas con el contenido de cada archivo en cada una marcando las lineas que son diferentes.
Aunque no lo he probado con archivos de más de 100 megas cada uno, es sin duda una herramienta que puede ser muy útil en nuestro día a día.