Un equipo de científicos de la Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering de la Universidad de Harvard y del MIT ha diseñado una nueva plataforma de AutoML llamada BioAutoMATED, específicamente diseñada para biólogos con poca o ninguna experiencia en aprendizaje automático (ML, por sus siglas en inglés).
De lo complejo a lo sencillo: BioAutoMATED
El aprendizaje automático, y la IA en general, pueden parecer desalentadores para quienes no están familiarizados con ellos. En resumen, el aprendizaje automático es una rama de la inteligencia artificial que permite a las máquinas aprender de los datos y mejorar sus rendimientos sin ser explícitamente programadas.
BioAutoMATED simplifica este proceso. Esta herramienta es capaz de utilizar secuencias de ácidos nucleicos, péptidos o glicanos como datos de entrada, ofreciendo un rendimiento comparable a otras plataformas de AutoML, pero con un mínimo de entrada por parte del usuario.
¿Cómo funciona BioAutoMATED?
Para crear esta plataforma integral para la biología, los científicos modificaron tres herramientas de AutoML existentes: AutoKeras, DeepSwarm y TPOT, que utilizan diferentes enfoques para generar modelos. El resultado es una herramienta que produce resultados estandarizados en todas las herramientas, lo que permite a los usuarios comparar fácilmente los resultados y extraer los mejores conocimientos de sus datos.
BioAutoMATED puede procesar secuencias de ADN, ARN, aminoácidos y glicanos de cualquier longitud, tipo o función biológica, preprocesa automáticamente los datos de entrada y genera modelos que pueden predecir funciones biológicas a partir de la información de la secuencia.
BioAutoMATED en acción
El equipo de investigación puso a prueba su nuevo marco de trabajo en varios conjuntos de datos. Usaron BioAutoMATED para explorar cómo afectaba la secuencia del sitio de unión del ribosoma a la eficiencia de unión del ribosoma en E. coli. También lo utilizaron para determinar qué áreas de la secuencia parecían ser las más importantes para determinar la eficiencia de la traducción y diseñar nuevas secuencias para pruebas experimentales.
El futuro de BioAutoMATED
Aunque los modelos predichos con la ayuda de BioAutoMATED necesitan ser validados experimentalmente siempre que sea posible, hay optimismo sobre el potencial de la herramienta. BioAutoMATED podría integrarse aún más en el creciente conjunto de herramientas de AutoML y un día extender su función más allá de las secuencias biológicas a cualquier objeto parecido a una secuencia, como las huellas dactilares.
El lanzamiento de BioAutoMATED abre nuevas posibilidades en la exploración biológica, rompiendo barreras entre la biología y la inteligencia artificial, y permitiendo a los biólogos concentrarse en lo que mejor saben hacer: descubrir los misterios de la vida.
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